Так же, как и обыкновенный бегемот, карликовый бегемот ведёт полуводный образ жизни, однако в отличие от обыкновенных бегемотов, образующих компактные стаи, охраняющие свои территории — карликовые бегемоты живут поодиночке и не склонны к защите своей территории. Карликовые бегемоты хорошо размножаются в зоопарках, а у себя на родине находятся под угрозой: по оценкам IUCN 1993 года, естественная популяция карликовых бегемотов не превышала 3000 экземпляров, а современная численность, вероятно, существенно меньше. Гражданские войны в местах обитания вида сделали невозможными его исследования и защиту.